În anul 1919 societatea academică a studenților români „Petru Maior” din Budapesta și-a mutat sediul la Cluj, odată cu ea venind aici și organizația ei sportivă.
Afluența mare a tineretului dornic de a urma studiile la Cluj a impus înființarea unei „Cetăți universitare”.
Pe data de 23 noiembrie 1919, presa clujeană venea cu următorul îndemn: „cu căldură patriotică la fieștecare tânar universitar român să-și țină de o sfânta datornița de a se înscrie în listele sportive care se află la Secretariatul Universității”La prima consfătuire avută loc în sala Prefecturii, au participat peste 100 de fotbaliști.
După mai multe întruniri, s-a format comitetul de conducere și în scurt timp au început primele antrenamente.
La 16 mai 1920 s-a disputat primul meci oficial la Arad, cu Gloria.
Universitatea a învins cu 3-1, golurile clujenilor fiind marcate de Eugen Crâsnic, Sabin Târla si Sabin Vățianu.
În prima parte a activității competiționale, „U” a participat în formula predivizionară a Campionatului Național, calificându-se de patru ori în turneul final.
În 1923, Universitatea efectuează un turneu internațional, clujenii jucând cu câteva din cele mai importante echipe din Franța, Italia și Iugoslavia: Stade Française (campioana Franței), Lyon, Grenoble Étudiant Club, Politehnica Torino sau Hask Zagreb.
Începând din 1932, odată cu organizarea campionatului în sistemul divizionar, activează în prima divizie.
Chiar din prima ediție, 1932-1933, reușește să ocupe locul 2 în clasamentul general, fiind învinsă în finala seriilor de Ripensia Timișoara.
Anul următor s-a clasat doar pe al treilea loc în seria a II-a, dar a disputat finala Cupei României cu Ripensia Timișoara.
În anul 1940 clubul „U” a fost nevoit să își mute temporar reședința la Sibiu, din cauza Dictatului de la Viena, care a hotărât cedarea unei părți din Transilvania Ungariei horthyste.
La ordinul ministrului Apărării Naționale, studenților de la Cluj li s-a pus la dispoziție localul cazarmei „Avram Iancu” și al Școlii Speciale de Cavalerie din Sibiu.
Deși „U” nu-și câștigase dreptul de a evolua în prima divizie, Federația Română de Fotbal a decis să suplimenteze numărul de locuri în Divizia A, de la 12 la 13, pentru a sprijini moral echipa clujeană aflată departe de casă.
În 1942 „U” Cluj ajunge pentru a 2-a oară în finala Cupei României însă pierde în fața echipei Rapid București.
Un episod deosebit a fost compunerea primului cântec dedicat unei echipe de fotbal din România.
Compozitorii au fost Nelu Brateș, Seva Ivanov, Relu Constantinescu și Mircea Olteanu.
Lansarea oficială a „imnului-marș” a avut loc la Teatrul Național din Sibiu, în fața unei săli arhiplineAnul 1965 poate fi considerat unul de referință în istoria clubului universitar.
Echipa de tineret a caștigat titlul național, Mihai Adam a devenit golgheterul României iar echipa de seniori condusă de Andrei Sepsi și Robert Cosmoc a câștigat Cupa României, aceasta fiind cea mai mare performanță a clubului până în prezent.
Finala jucată cu Dinamo Pitești s-a terminat cu scorul de 2-1, golurile studenților fiind înscrise de doi jucători emblemă ai lui „U”: Remus Câmpeanu și Zoltan IvansucDupă o perioadă plină de retrogradări și promovări în Liga 1, „studenții” au ajuns din nou în primul eșalon al fotbalului românesc în anul 2007.
Adrian Falub aflat la prima sa experiență ca antrenor, a reușit promovarea îndelung așteptată de șepcile roșii.
O stagiune memorabilă a fost sezonul 2014- 2015.
„Șepcile roșii” au avut un parcurs spectaculos în Cupa României, ajungând până în finală.
Pe drum, „U” a trecut de echipe precum FC Brașov, Pandurii Târgu Jiu, iar în semifinale chiar de rivala locală CFR Cluj, după loviturile de departajare.
Însă finala disputată pe Arena Națională, a fost pierdută în fața celor de la Steaua, scor 3-0.
În 2016 echipa a intrat în faliment, Florian Walter cedând către Primăria Cluj mărcile clubului fondat în 1919.
Tot în 2016, echipa a fost refondată cu concursul universităților din orașul Cluj-Napoca și finanțată din cotizațiile suporterilor săi, sub numele „ACSF Alb-Negru al Studenților Clujeni”.
După multiple promovări și redobândirea numelui și palmaresului, „U” Cluj a reintrat în Liga 1 la finalul sezonului 2021-2022.
Deși în play-off-ul ligii secunde promovarea părea pierdută după înfrângerea cu 1–2 pe teren propriu în fața Unirii Slobozia, echipa lui Erik Lincar a avut șansa unui baraj în care a întâlnit-o pe Dinamo București.
După un baraj de foc, U Cluj a învins-o cu 3–1 la general, revenind după în Liga 1 după 7 ani.
În actualul sezon din SuperLigă, „U” Cluj este pe primul loc cu 30 de puncte.
